O cultivo do algodão varia de 150 a 200 dias dependendo da variedade e do clima. O início da janela de semeadura do algodão na região do cerrado inicia entre os meses de dezembro e janeiro, épocas ideais para a instalação da cultura. Cerca de 90% das aéreas de produção de algodão são em sequeiro (sem irrigação), tornando o produtor dependente da chuva para iniciar a semeadura, que pode ser atrasada caso ocorra atrasos na semeadura da soja (em casos de sistema com algodão pós soja).

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A instalação do algodão normalmente ocorre em espaçamentos mais largos (0,90 m) com densidade populacional entre 8 a 12 plantas por metro, entretanto, atrasos na semeadura podem alterar o cultivo para um espaçamento mais estreito (0,76 m). Adubações de plantio também são realizadas para melhorar o desenvolvimento inicial, principalmente com fósforo. O início de desenvolvimento do algodão tem atenção especial para as principais pragas iniciais (tripes, pulgão e mosca branca) e infestação de plantas daninhas, entretanto, em algumas situações podem ocorrer doenças como mela e outras que causam tombamento da plântula. Recomenda-se aplicação de herbicidas pré-emergentes para que não haja infestação logo nos primeiros dias de desenvolvimento do algodão.

As adubações, principalmente com nitrogênio e potássio, são iniciadas a partir dos 30-35 dias após a emergência (DAE), e quando parceladas, são aplicadas até os 60-70 DAE. Além disso, aplicações com micronutrientes, principalmente boro, têm aumentado a produtividade do algodão. A partir da emissão do primeiro botão floral (B1), entre 27-38 DAE, o desenvolvimento da parte aérea da planta é mais intenso, aumentando a demanda por água e nutrientes. O fornecimento dos nutrientes deve ser de acordo com as exigências da planta, pois aplicações errôneas podem reduzir a produtividade e qualidade da fibra, principalmente o excesso de nitrogênio, que pode estimular ainda mais o crescimento da planta e causar abortamento (auto-sombreamento) e apodrecimento (doenças) das estruturas reprodutivas localizadas no baixeiro da planta. Além disso, pode ocorrer aumento na incidência de doenças, principalmente a mancha de Ramulária. O manejo com regulador de crescimento, que começa a partir do B1, pode evitar perdas de estruturas reprodutivas por diminuir o crescimento excessivo da planta e aumentar a transmissão de luz nas partes mais baixas, como também, a penetração da calda da pulverização para controle de pragas e doenças.

O regulador também é utilizado para realização da capação da planta de algodão, que depende muito do manejo empregado para ser realizado. Manejos com foco na produção do terço inferior são realizados mais precocemente (90 DAE), enquanto manejos com foco de produção no terço médio e superior são realizados mais tardiamente (100-130 DAE).

O cotonicultor deve ficar atento ao manejo do bicudo, que é a principal praga do algodão. O manejo pra bicudo começa com os monitoramentos na entre safra, e isso se intensifica a partir da emissão dos primeiros botões florais. O controle do bicudo é dificultado pelo hábito da praga se esconder dentro dos botões florais e maçãs, no entanto, pode ser realizado com eficiência com aplicações de inseticidas de eficiência comprovada. Com o ciclo chegando perto do fim, é realizado manejos com desfolhantes e maturadores (80% dos capulhos abertos), com o intuito de colher a lavoura sem contaminação por folhas e acelerar a abertura das maçãs.